Przewidywana w trakcie realizacji projektu bardzo ścisła współpraca z Ministerstwem Rolnictwa i Rozwoju Wsi oraz Generalną Dyrekcją Ochrony Środowiska powinna zapewnić, iż wypracowane efekty projektu będą podstawą do budowy, ewentualnie rozbudowy ogólnopolskiego systemu monitoringu różnorodności biologicznej na użytkach rolnych leżących na obszarach NATURA 2000 oraz systemu monitoringu efektów przyrodniczych programu rolnośrodowiskowego.

Zespół realizujący projekt będzie intensywnie wspierał inicjatywę stworzenia państwowego systemu opisanego wyżej monitoringu, z możliwością włączenia go do zadań realizowanych przez Główny Inspektorat Ochrony Środowiska, który odpowiedzialny jest za organizowanie i koordynowanie Państwowego Monitoringu Środowiska.

Ponadto jednostki zaangażowane w projekt będą wspierały inicjatywę włączenia działań związanych z nadzorem merytorycznym nad opisanym wyżej monitoringiem do zadań państwowych instytutów badawczych (jednostek badawczo-rozwojowych) podległych Ministrowi Rolnictwa i Rozwoju Wsi.

Należy ponadto podkreślić, iż Ogólnopolskie Towarzystwo Ochrony Ptaków (OTOP) po zakończeniu projektu będzie kontynuować monitoring ptaków lęgowych na wyznaczonych w projekcie powierzchniach włączając je do systemu Monitoringu Pospolitych Ptaków Lęgowych w Polsce.

Ponadto Instytucja Realizująca zapewni utrzymanie serwisu geoinformaycjnego (www.agropronatura.pl) przez okres 5 lat po zakończeniu projektu, t. j. do końca  2021 roku.